黄尊素之父黄曰中，别号鲲溟，清修《浙江通志》中有传，读书人出身，以教书为业，“三吴弟子经其指授者，皆为名士。每试出，私第其高下，榜发无不合者”。曰中有四子：长子尊素、次子等素、三子符素、四子葆素。

　　黄尊素年轻时为乡村塾师，万历四十四年（1616年）中进士，授宁国推官等职。天启二年（1622年）升御史。他精敏强执，謇谔敢言，尤有深识远虑，为权宦所忌。次年冬，疏请召还刘宗周等学者，弹劾通政使丁启睿等。疏论任命巡抚应当京官和地方官并用，恢复在便殿召见大臣面议重要政事旧制，均不被采纳。后又上书力陈时政十失，劝帝“进贤退不肖”，抗疏论劾魏忠贤，疏入，阉党魏忠贤大怒，谋廷杖治之，经人营救，乃夺俸一年。一次，魏忠贤指使数百小宦官闯扰内阁，众阁僚俯首不敢言，他厉声喝止。继又上书论万燝廷杖卒，反对廷杖，并揭露权臣以此斥异己、泄私仇。数次得罪魏忠贤，天启五年被阉党曹钦程弹劾，革职，居苏州城郊。

　　汪文言初下狱，魏忠贤即欲罗织诸人罪，知黄尊素能识破他的阴谋。魏忠贤恨甚，指使李实弹劾他，魏忠贤遣人数探行踪，携钤印空白驾帖，填黄尊素等7人姓名往捕。适逮者失落驾帖，不敢至。他自知不能免，即囚服诣吏自投诏狱。被捕后，拷打备至，知狱卒将害己，赋诗一章，于天启六年六月一日被害，年仅四十三岁。崇祯初，赠太仆卿。福王时，追谥号忠端，崇祀忠义、乡贤二祠。事详《明史》本传及《名臣言行录》、《东林列传》、《明书》、《明史稿》等书。墓在今余姚陆埠镇化安山。

　　著有《忠端公集》、《四书缄》、《隆万两朝列卿记》等。